截止2015年，全世界权威期刊上已经发表过超过2万份的益生菌临床试验文献（约含测试对象50-200万人次），这些文献表明：益生菌的副作用仅发生于有严重免疫缺陷和对益生菌过敏的特殊人群，益生菌对大多数人都是有益的。
大量临床试验也发现：80%以上的人在服用益生菌时，基本不会有什么副反应，最多是肚子有些咕噜咕噜，产气比平常稍多一点而已。
然而，对于很多肠道菌群已经失调的人，在服用益生菌的过程中，特别在刚开始补充益生菌的前1-4周，会出现病症加重的现象（如腹痛、多气、拉稀加重。皮肤出痘痘比之前更厉害等）。
这是为什么呢？这种现象叫做赫氏消亡反应。
在一个多世纪之前，两位欧洲皮肤病学家阿道夫雅里希 (Adolf Jarisch) 和卡尔赫克斯海默 (Karl Herxheimer)各自独自观察到一种奇怪的现象：皮肤病患者在接受治疗后，他们的症状在最初往往会有所加重，甚至出现发热和恶心等不良反应。然而这些不良反应持续几天到一周后，病情开始慢慢好转直至康复。继续研究发现这种现象产生的原因其实是由于有害细菌死亡的过程中会释放一些毒素，从而导致症状加重。
他们将其适用范围进一步扩大，以解释病人在接受治疗或者服用补充剂后出现不适症状。例如补充益生菌可能出现消化道不适，如肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。有些人还会出现腹泻、发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等多种不适的症状。
这是因为有害菌为了存活会释放比平时量更多毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗益生菌。而这些毒素在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状。
所以有这些副反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。有时这些副反应反倒是一个好信号，因为说明益生菌起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
首先，要了解80%以上的健康人服用益生菌时不会产生赫氏消亡反应。
赫氏消亡反应多发生于肠道菌群已经失调的患者。服用益生菌产生的赫氏消亡反应通常时间不长，大多数人几天至2周（极个别严重者会最长持续到4周）就会消失，从而转向身体康复阶段。
如果赫氏反应太厉害，可将益生菌的摄入量减半 ，服用1周，停3-4天。
这样经过几个循环，逐渐增减益生菌的摄入量，则会得到很好的缓解。
另外，请注意在服用益生菌的时候不宜摄入过多膳食纤维。否则会造成益生菌突然间大量繁殖，有害菌大量释放毒素，造成反应加重。
服用益生菌产生的赫氏反应通常并不严重，一般不需要接受治疗，但若反应严重，应立即就医。
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